En la última década, técnicas genéticas cada vez más poderosas han encontrado hordas de ADN microbiano, no obstante, os investigadores han luchado para cultivar la mayoría de los microbios en el laboratorio debido a la complejidad de imitar sus entornos naturales.
Pero ahora una nueva estrategia de “genómica inversa” ha encontrado una manera de extraer algunas de estas bacterias furtivas de los fluidos tomados de la boca humana y cultivarlos en el laboratorio. Esto se traduce en un avance para mantener la salud y evitar las enfermedades.
Norman Pace, un microbiólogo de la Universidad de Colorado en Boulder que no participó en el nuevo trabajo, señala que los resultados eran inimaginables en los 80. Según este especialista, este nuevo enfoque “utiliza tecnología completamente moderna” para obtener muestras de especies previamente identificadas, pero no cultivadas.
Los microbios putativos son el resultados de diversos estudios de secuenciación de ADN que pueden aislar una sola bacteria o, en el otro extremo, observar todo el material genético en un entorno contenido como la boca humana. Los investigadores no podían cultivar estos microbios y por tanto no sabían cuál era su papel en sus respectivos microbiomas.
Entonces Podar y su equipo de trabajo se centraron en las saccharibacterias, principalmente bacterias que habitan en la boca de las cuales casi una docena de especies viven en humanos. Los investigadores utilizaron una estrategia basada en anticuerpos para obtener aislamientos de saccharibacterias que habían sido secuenciadas, pero no cultivadas, de una gama de saliva y otros fluidos bucales.
Primero buscaron genes que probablemente calificaran como proteínas, luego identificaron regiones específicas de las proteínas de la superficie que probablemente desencadenarían las respuestas de anticuerpos más fuertes. Y después, inyectaron estos fragmentos de proteína a conejos, purificaron y marcaron con fluorescencia los anticuerpos que produjeron los animales.
La mezcla de los anticuerpos marcados con saliva permitió a los investigadores extraer las Sacaribacterias relativamente raras de la mezcla de células en las muestras. Luego estas bacterias fueron puestas entre una amplia variedad de medios de laboratorio (caldos hechos de órganos corporales, azúcares, soja, vitaminas y jugos gástricos, etc.) y finalmente encontraron brebajes que, por razones desconocidas, permitieron a los anticuerpos crecer.
Según los investigadores, la técnica de genómica inversa “debería ser ampliamente aplicable a cualquier organismo objetivo”. Aunque recientemente otros grupos han informado sobre otras técnicas que aíslan y desarrollan microbios novedosos a partir de secuencias, Slava Epstein, microbióloga de la Northeastern University en Boston que se especializa en el cultivo de organismos previamente no cultivables, dice que el nuevo trabajo es especialmente importante. La especialista señala que este es un enfoque dirigido, no basado en estadísticas como los demás, actúa como un principio y lo más importante es que funciona.
Epstein quiere probar la técnica en su propio laboratorio. Ella dice que el estudio “Abre una pregunta intelectualmente burlona: ¿Qué es lo que hace que lo inculturable sea inculturable?”. La especialista tiene una teoría sobre esto y por tanto agrega: “Esta podría ser una herramienta útil para lograr que más especies demuestren mi teoría”.